当然另一方面也可能是百官都不大赞成，互相推诿。否则大伙齐心协力各出主意，便是没有先例典制也不难办了。后来还是王彪之提议参照了《霍光传》授古订制将礼办成。司马奕被废为东海王，迁置东海，只着白绸单衣步下西堂，乘牛车出宫，群臣拜辞。司马奕在位六年，史称晋废帝。
另一方面桓温具备法驾，率同百官至会稽，迎时年五十二岁的会稽王司马昱入殿。这时桓温兼任文武之职，更加威震内外。
前皇后瘐氏的兄弟不服，密谋欲诛杀首恶桓温，桓温趁机铲除异党，剿灭瘐氏一族，瘐氏自知祸到，自尽的自尽，出逃的出逃。本来就不稳的东晋局势更加风雨飘摇，司马昱估计也胆小，没多久就染疾身危，这个时候连皇后、太子都还未立。司马昱尚下诏书给桓温，道：你看我的皇子能扶持就扶持，不能扶持就请你取而代之。这时桓温恰在外地，侍中王坦之看到诏书大惊，与谢安入见，将诏书撕个粉碎，道：“天下是轩辕的天下，陛下怎可私相收授？”要求司马昱改诏立太子。
司马昱这人命中子息比较薄弱，生过几个儿子都早死了，后来到四十多岁尚无子女，遍求术士偏方，道士视遍后院佳丽皆是摇头，最后直对一个黑丑家贫的纺织女奴叫做李陵容的点头，诸王妃美妾都不免取笑，司马昱却偏偏叫这昆仑奴侍寝，李陵容果然先后为他生下二子一女，虽然又黑又丑身份低贱，但能生儿子，这时独得宠幸自是不肖说，冷落了一干绝孕的佳丽，也算是奇事了。却说司马昱听了谢安、王坦之劝谏，改立长子年仅十岁的司马曜为太子，只请桓温效诸葛武侯辅政。不久即驾崩。史称简文帝。因桓温不在，满朝文武都不敢立嗣。谢安聚集百官于朝，道：“先帝驾崩，宜早立太子登基，诸公认为怎么样？”百官都不敢应，只道：“这事须得等桓大司马回来后决定，咱们不敢妄自商议。”唯王彪之出道：“父死子继，兄终弟及，今天子已崩，太子继位，这是天经地义的事，还有什么可商议的？”谢安欣然应道：“所言甚是。”只趁桓温未归便是快刀斩乱麻，当即请司马曜登皇帝大位，是为孝武帝。
大司马桓温闻听司马昱的遗诏并没有禅位于自己，而且新帝已立，自然怨望，奈何这时已经病重，临终前也想荣膺九锡，催请朝廷加九锡，使他也可以活着称王几日。谢安和王坦之不敢拒绝，只一味拖延，叫人起草文书，谢安看过文书后不满文辞，退回修改，如此数次，直至桓温病终便不了了之，一代名将殒落，桓温虽然晚年大败两次，又做出仓促废立等晚节不保的事，但一生的功
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