4月，云南军区改称昆明军区，秦基伟改任昆明军区副司令员。
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节五五五年的中将，八八年的上将
“五五年的中将，八八年的上将，立传”这是军队高级将领能否拥有自己一部正史的硬杠杠，只要符合其中的一条，即1955年被授予中将以上军衔的军官，或1988年授予上将军衔的军官，中央军委都将为他的一生，写一部正史。又是五五年的中将，又是八八年的上将，两者都符合的，则寥寥无几，而秦基伟是其中之一。
1955年9月，中国人民解放军第一次授衔。军队有了10位元帅，10位大将，57位上将，177位中将和1359位少将。秦基伟被授予中将军衔，成了“五五年的中将”。
同月，昆明军区司令员谢富治调中央工作，秦基伟中将升任昆明军区司令员。
秦基伟是177位中将中最早担任大军区司令员的。这是好事，也是坏事。好事是，当主官有了建大功立大业的平台；坏事是，1966年那场席卷中国的史无前例的“文化大革命”，让秦基伟成了大军区一级的高级将领中最早下台的人。
塞翁失马，安知非福？1967年2月12日，周恩来派了一架飞机，把秦基伟接到北京，安排在京西宾馆，没了职务，也没有任务。在周恩来的保护下，虽然秦基伟在“文化大革命”的第一个浪头下，成了没有还手之力的“死老虎”，但在后来的“残酷斗争，无情打击”中却躲掉了挨打、侮辱人身的事件生。与不少老干部受冲击、折磨，甚至被整死的相比，秦基传最早倒台算是“因祸得福”
1969年3月至8月，中苏边境接连爆了几起冲突事件，中央出通知，在北京的中央党政军主要领导人及一些老同志，于10月20日以前全部战备疏散。10月上旬，秦基伟带着女儿畹江，“疏散”到了湖南省汉寿县的一个军垦农场。从此，秦基伟开始体力劳动。
1971年9月13日，乘“三叉戟”飞机出逃，毙命蒙古温都尔汉。中国的形势稍有变化。1972年3月，秦基伟被允许到长沙治疗在农场落下的肩周炎。
1973年4月下旬，广州军区一位政治部副主任受中央军委的委派，来到湖南某疗养院，把秦基伟等人叫到会议室，传达了军委指示，宣布秦基伟和李成芳、王蕴瑞
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