9年（明正统十四年）大修竣工后，向朝廷乞赐寺名。如今的“敕赐荐福寺”匾额就是当年明英宗的亲笔。公元1487年（明成化末年）西安地区发生地震，小雁塔的塔身震裂。
后来重修时在塔的底部砌了一层包砖，但没有修复塔身的裂缝（至1965年经过一次整修，才修复了地震震裂的裂缝）。小雁塔原有15层，公元1555年（明嘉靖三十四年）遇到地震时塔顶两层被震毁，现存13层。清朝时荐福寺又多次修缮，以康熙三十一年的整修规模最大。晚清时期还建造了藏经楼和南山门等。
在漫长历史岁月中，小雁塔还有一段“神合”的历史。公元1487年，陕西发生了6级大地震，把小雁塔中间从上到下震裂了一条一尺多宽的缝。然而时隔34年，在1521年又一次大地震中，裂缝在一夜之间又合拢了。人们百思不得其解，便把小雁塔的合拢叫“神合”。
1555年9月，一位名叫王鹤的京官回乡途中夜宿小雁塔。听了目睹过这次“神合”的堪广和尚讲的这段奇事后，惊异万分，把这段史料刻在小雁塔北门楣上。在小雁塔门楣刻石上记叙：“明成化末，长安地震，塔自顶至足，中裂尺许，明澈如窗牖，行人往往见之。正德末，地再震，塔一夕如故，若有神比合之者。”
此刻唐小莫已经站在小雁塔的广场上等待了，他这一刻还无法知道，在这里将要有一场恶仗正等着他！！