与《治鼠疫法》，在病原学方面，他认为疫气来自地气，提出同一地区城市多死而山林可免；同一居宅泥地黑湿多死而铺砖筑灰可免；暗室避风多死而居厅居楼可免。同一家宅婢女小儿多死，是因为她们经常贴地而坐或赤足踏地；其次为妇人，因为她们经常居室地，再次为静坐寡出的男子。可见他已经看出阴暗潮湿处易于染病的特点。
吴宣崇提出一些可行的防避之法和生药方、熟药方、治出斑方、治疔疮方等。今保留的熟药方药味为:大黄、朴硝、枳实、川朴、犀角、羚羊角、黄连、黄芩、车前、泽泻、连翘、牛子、桃仁、红花、紫草茸、紫花地丁、紫背天葵等。
此外罗汝兰的《鼠疫汇编》改用解毒活血汤加减，主方是连翘三钱，柴胡二钱，葛根二钱，生地五钱，当归钱半，赤芍三钱，桃仁八钱，红花五钱，川朴一钱，甘草二钱。罗氏还考虑以生药代替熟药之法。如犀角、羚羊角被植物药替代后，植物占中医鼠疫药的绝大部分。
余伯陶的《鼠疫抉微》中记录:“鼠疫又名核瘟，言是症之必见结核也。”清代郑肖岩着《鼠疫约编》八篇，介绍鼠疫的预防，辨证及治法，并附医案及验方。