战斗进行得不顺利的一个重要原因，就是清军在守城时使用了大量的火器，因此在得知清军的援军带着大量火器进驻了邳州之后，也决定放弃继续进攻邳州的计划，反正调动清军的目地己经达到了。
罗远斌收到商毅的命令是在进攻旴眙的第四天，这时商家军为了攻取盱眙，己经伤亡了四千多人，但仍然没有攻下盱眙，而商毅也意识到，如果继续进攻盱眙，就算最终能够攻下，但也必然会使第二军损失巨大，从而影响整个江北战场的大局，因此下令罗远斌，停止进攻盱眙，撤回扬州暂时修整，等待命令。
到这时，淮安战役也全部结束，尽管周少桓在北线连继夺取了海州、沭阳、宿迁等地，取得了很大的战果，战线甚至都己经推到了南直隶的范围内，但由于商家军在进攻盱眙的战斗受挫，鲁南和苏北仍然没有重新打通，因此这次淮安战役的目地最终还是没有达到。
不过通过这次淮安战役，商毅也发现了商家军存在的最大弱点，现在商家军的阵地战、遭遇战、野战、巷战都积累了足够的经验，也取得了相当好的战绩，但现在还缺乏打攻坚战的经验。虽然在过去的战斗中，商家军也攻克了不少城池，但主要是依靠火器的优势进行战斗，一但敌人也大量使用火器守城，商家军的优势缩小之后，就显得十分不适应，并且出现大量的伤亡。
当然从战争向常规道理来说，攻城战从来都是进攻方付出的代价大于守方的战斗，因此就是出现较大的伤亡，也是十分正常的事情。不过就商家军目前来说，还是应该以运动战为主，调动清军的兵力，寻找战机，以迁灭清军的有生力量，尽量保存自己的实力为主要目地。而并不适合多打这种伤亡过大的攻坚战，消耗自己的实力。因为和清军拼消耗，显然是得不偿失的。
另外也是给自己敲响了一下警钟，现在的清廷，可不是二百年后那么腐朽、保守、落后又盲目自大的腐败朝廷，八旗劲旅还处在自己的颠峰时期，还保持着勇武、好战的游牧民族血性，并沒有堕落成八旗子弟。像多尔衮、多铎、阿济格、洪承畴、吴三桂还包括孝庄太后，都不是好对付的角色，不要以为自己是现代人就小看了他们。
同时这个时候的清廷也保持着一定的活力和进取精神，对先进的事物，由其是与战争有关的事物，仍然俱有效强的学习和仿造能力。在战场上发现了火器的巨大威力之后，清廷一定会加大发展自己的火器研制工作，事实他们上也正在做。虽然还无法超过自己，但也能缩小和自己的差距。
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