官污吏其实都体制的受益者，都会拥护给予自己权力的体制，但这并不妨碍他们会以损害体制的利益来填满他自己的腰包哪怕这样做会最终毁灭这个体制
以前商家军的规模小，而且从一开始，商毅建立了完善的财务制度，又有审计机构，因此到现在为止，商家军内部没有发生大的营私舞弊事件，但小贪小污依然时有发生，己经处理了五起当然这种小打小敲的事情，也是不可能完全避免，只能发现一起，处理一起但规模扩大以后，仅靠审计司也不够，何况审计司也只能管得住财务，管不用职权，因此设立一个监查机构，也是完全有必要的
监查司将由商毅直接管理，主事是郝君侠他原来是北京的户部主事，非常忠于职守，尽职尽责，虽然在商家军的资励不够，但从另一个方面看，和任何一方也没有什么深交，在相当程度上也保证他的公证性，因此出任监查司的主事非常合适从权力上说，监查司拥有调查权、问责权、临时拘捕权，但没有审判权当然监查制度还要在试行慢慢完善
两个设的大机构就这样确定下来，最后，在农业司下面，商毅又设立了土地局和粮食局这两个次一级的部门
在掌握了浙江的权力之后，商毅对内的下一步计划就是清丈土地，查实田产，一方面是使毎一户都有自己的土地，稳定社会局面，也为以后安置难民做准备，另一方面也是做为以后税收的依据，多田产者多交，少田产者少交，保障税收的公平性因此也需要成立一个专门的部门来管理这方面的工作
而粮食是战略物资，自从到了浙江以后，商毅就一直在储备粮食，现在储备的各种粮食己经过了七十万石，不仅如此，商毅还打算把整个浙江的粮食都实行计划控制，以便在战时进行统一的安排和分配，因此也需要一个专门的部门来管理
行政机构上的调整暂时只有这些，而接下来，就是对军队机构进行调整了
在军队，商毅也设立了三个的组织，宪兵队、情报处、安全处
商家军成立至今，除了取得赫赫战功之外，另一个值得称道的地方就是军纪严明、秋毫无犯但商毅也知道，随着军队的扩大和组成复杂，在军队内部，也同样需要一个监查机构，来管理监督军队的违纪行为宪兵队就是这样一个机构
宪兵队是由最早加入商家军，又没有犯过错误的老兵组成，属于那种思想觉悟很高，而且对商家军的名声和荣誊都非常重视的人任务就是处理商家军的士兵以及预备兵、达标兵的违纪行为，当然还有冒充商家军的流氓无欶宪
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