关于台湾的协议是：
一、双方在台湾的势力范围将保持现状，商毅占领台湾东北部，包括基隆、淡水、小琉球、宜兰等地，荷兰一占领台湾西南部，包括大员、澎湖、麻豆、虎尾垄、打狗（即高雄市）。其余的地方均为公共区域，双方可以自由进行开垦、开矿、收编、传教土著等事宜。但不得侵占对方己进行开发区域。
二、双方可以随意收编公共地区内的土著居民，但华人居民除外，荷兰人不得收编公共地区的华人定居点，在荷兰人控制地区内的华人如要迁移到商家军的控制区内，荷兰人不得阻拦。
三、一但台湾遭到外来势力的侵袭，双方都有义务共同保卫台湾，浙江和巴达维亚也有义务增援兵力。
关于双方贸易的协议是：
一、商毅开放浙江宁波府，作为对荷兰的通商口港，禁止别国家的商船停靠宁波港口，但别国家的商船可以在其他港口与商毅进行贸易来往，荷兰可以在宁波建立商馆，但荷兰的驻商馆工作人员不得超过四十人，必须尊守中国的法律，禁止携带任何火药武器。违反中国法律，商毅有权力依法给予抓捕、审训和处罚，荷兰可以通过正常渠道提出上诉，但无权干涉商毅的执法。
二、在宁波进行贸易的荷兰商船将尊照商毅的规定，交纳关税，但商毅给予荷兰商船的税收不得超过其他国家的一半。同时将有十二种商品由商毅指定的商行供货，但保证价格与市场价相当，非指定商品，荷兰可以与其他商行进行商业贸易来往。
三、荷兰将开放浙江到菲律宾和马尼拉的航线，准许商毅的船队通航进行贸易，但商毅不能参与对日本和巴达维亚的贸易。
虽双方在关于台湾的协议中，基本承认了台湾由双方共同占领的现状，但划分出了公共区域和保护在台华人的条款中，其实留下了很大的隐患。只要双方的实力平衡一打破，随时都可以从里面找到借口来制造争端，挑起战争。这虽然是商毅所需要的，但荷兰同样也觉得这样很好。说白了双方其实都希望独自占领，而不愿意和对方长期共同拥有台湾。
当然商毅知道荷兰的底细，因为荷兰又是一个小国，全国的人口也才只有二百多万，在全球有那么多的殖民地，放在亚州的经力确实有限。就算想加强对亚州的投入，但荷兰离亚州实在太远，增兵困难，地利优势远不及商家军，而且现在荷兰还在欧州打三十年战争，等三十年战争结束之后，又要面临着英国人的竞争，因此时间拖得越长，实际对荷兰越不利。
而双
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