第二天，商毅便率人马，带领吴全福一家，以及张庚秋、安德烈等人，同时还押着俘虏的海盗，着离开了昌国卫，返回杭州。缴获的两条海盗军也由也沈寿崇派人架驶，送到杭州附近的海面上停泊。
这次到昌国卫一行的收获远远超出了商毅的预料，不仅仅得到了昌国卫这一支还算不错的军队，而且连商毅一直希望建立的海军，也跨出了坚实的一步，海军最关建的造船技术，以经得到了基本的解决，而下一步的兵源问题，也初步有了着落。而下一步，也就开始搭建海军的框架。其实就连商毅也没想到，组建海军会这么快就提上了议程。
因此回到了杭州之后，将其他事情都做了处理，商毅立刻招集留守在杭州的二团和五团团部的全体成员,另外加上侦察营的营长吴汉生,以及从苏州赶到杭州向商毅汇报工作的三团副团长成钢，开会协商商家军的人调整和安排。另外还有海军的筹建工作。
在商毅离开杭州期间，商家军又组织了一次选拔，有二千五百多名预备军通过了考核，成为正式的士兵，可以编制成三个团。各团的各级军官人选都耍进行安排，另外现在商家军在杭州己有了六个新营，以经可以组编成一个新团，那么团部的成员为要确定。另外经过了这次选拔之后，商家军的预备军只剩下五百多人了，是否需要继候扩招兵源。
首先商毅说出了组建海军的打算。不过因为受这个时代的影响，周少桓等人都没有认识到海军的重要性，因此商毅首先废了不少口舌，又把葡萄牙、荷兰这两个国家的发展史尽量详细的向他们作了一番解说，甚致把当年郑和下西洋的例子列举出来，证明建立一次强大海军的重要性，结果再一开始花了两个多小时的时间，几乎都给他们补上历史课。
其实所有人对商毅要组建海军的想法都没有异议，这到不是说他们听懂了商毅的话，认识到海军的重要性，而且基于“商毅的决定是没有错的”这种思维惯性。这也令商毅觉得很受伤。因为一直以来，关于商家军的规划，以及自己集团的发展走向，基本都是商毅一手包办，其他人都只管按他的要求来做就行了。商家军能一步一步走到现在，也证明了到目前为止，商毅所制定的战略发展路线是十分正确的。
南下之后，在许多战斗中商毅都改变了过去亲力亲为的做法，而是充份放手让手下的将官独力指挥战斗，，一方面是因为南下之后遇到的对手都不强，借此机会充份煅练他们独当一面的能力，另一方面商毅要在总体规划上花费大量的精力。
从目前的情况
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