起轩然大波，文武百官意外众口一声，支持陈燮的建议。朱由检看在抄家罚金的面子上，思之再三，勉强同意了这个建议。于是百官纷纷上奏，称颂君父之德，不亚尧舜。并恳请，今后非谋反大罪，皆效此例。
赶上五十万的银圆的汇票到手，听说山东地方恢复了平静，心qing大好的朱由检，意外的同意了这次建议。并表示，有司可设条例，以待日后有据可查。意思是，抄家是必须的，罚金换一条命也是必须的，该罚多少，你得有个标准。但是，是否按照这一次的例子来，还得由皇帝来决定，不可作为常例。意思就是，规则可以搞出来，是否按照这个规则来，标准在皇帝的手里掌握着。这一招出来，虽然说皇权还在发挥主要作用，但已经被砸出一个口子。
山东的事qing，居然就没人提了，孔家的问题，也没人去提。最后还是陈燮联合按察司、布政司上奏：圣人门第，不可没落。可从罚金之中拨款一些，交由彼等安家，另选继承人，官府出面帮助孔家恢复门第。
朱由检很gan脆，一事不烦二主，孔家的妇孺是陈燮救的，一些贪官的罚金还没收上来的，全部交由陈燮代转给孔家。另立家主一事，也由陈燮代为选定，择日举行仪式，上奏审批。
陈燮很认真的写了个长奏折，先说漕运卫所废弛，可借机整治，为日后整顿卫所积累经验。接着说山东两府官员一案，牵扯众多，当由厂卫接手善后。再说孔家的事qing，还是要礼部派一个老成持重的官员下来主持，地方处置名不正言不顺，还是扛着君父的名义下来的官员比较有说服力。具体到钱粮，山东地方可以担负。最后说到官员，吏部、兵部，应尽快选派官员下来接任。
这份奏折到了京师，陈燮再次受到了百官的好评。之前那些弹劾陈燮的家伙，突然换了一张嘴脸，往死里夸陈燮。朱由检这一次很gan脆的照准了陈燮的意思，不过加了一条，卫所整顿之事，由陈燮负责。具体到卫所官员的问题，由陈燮推荐至兵部。
兜了一个大圈子，最后给了陈燮这么一个好处，还是看在陈燮带兵厉害的面子上。朱由检小气吧啦的一面，暴露无遗了。陈燮兜了一圈，要的不就是这个么？接着旱qing的机会，山东官场上下，都给收拾了一顿。两个府的官员，基本上都被装了进去。关键是卫所的权利，陈燮拿到手了，这一下整条运河，都在陈燮的手上。
在卫所这个问题上，朱由检和陈燮zhijian，其实是一个默契的结果。陈燮惦记要在运河上收费呢，这个事qi
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