朱由检用了好几个时辰，把所有死刑犯的卷宗过了一遍，确认这些军官确实在叛乱中起到骨干作用。其中有几名低级军官，朱由检认为他们级别太低，有可能是受到上级胁迫，因而从名单中剔除掉，改为徒刑。而那些判处斩监候的，只要证据确凿，也就不用“候”了，朱由检直接给他们勾决，变成了斩立决。
勾决之后的第二天清晨，锦衣卫立即行刑，朱由检亲自监斩。行刑地点设在了大明军第一师的军营之中，几十名死刑犯一字排开跪了一大溜，大部分面如死灰，有的早已昏死过去，还得让人扶着。周围观刑的数千将士则是神情肃穆，鸦雀无声。
负责审案的锦衣卫官员先高声宣读了死刑犯名单及所犯事由，再一一验明正身。一切准备停当后，行刑官向朱由检请示行刑。朱由检双眼微闭，斩钉截铁地道：“立即行刑！”
“圣上有旨，立即行刑！”
这最后一个“刑”字拖得特别长，随着这一声喊，只听“咔嚓咔嚓”之声不绝，几秒钟之内，数十名参与叛乱的军官全部斩讫，首级遍视全营，然后悬挂在开封府四城门楼上示众。众人心中无不凛凛，心想这位年轻的万岁爷也够狠的，连午时三刻都等不得，大清早就把这几十人打发了。
而就在开封府的城头挑起叛将首级时，远在东南方八百多里之外的南直隶应天府滁州城头，也悬挂着十几颗面容可怖的首级。西门外官道上，一支人马驻足远望，良久，为首的老者才对身边另外一位老者道：“岵云兄，看城头旗帜，滁州仍在官军控制之下。速去城下问话，如果没有异状，我们就入城。”
这两人便是奉旨到南京赴任的王在晋与袁可立两位老臣。自从离开开封府，他们在卢象升中军官杨陆凯的护送下，一路马不停蹄，径直穿过归德府和中都凤阳府，仅用了四天多时间就抵达滁州。
其实这段路途已经很危险，因为流贼数十万大军就在东面不远的彭城一带，而流贼的特点便是四处流窜，随时有可能窜回到这边来，因此负责保护两位老臣的杨陆凯神经高度紧张，每天只敢睡一个多时辰。
到了滁州境内，杨陆凯终于松了一口气，因为滁州离南京已经很近，南京有重兵驻扎，流贼未必敢往这里来。可是气还没喘匀，就看到城头悬挂着的首级，立时又紧张起来，下令全体戒备，然后才派中军去城下喊话。
不多时城门大开，一队骑兵缓辔而出，打的也是官军的旗号，众人这才彻底放下心来。很快为首将官就赶到王在晋、袁可立马前，翻身下马大礼参拜道
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