把他发回浙江，做了个舟山守备，统辖舟山水师。
原来这二将都不归南京卫所管辖。但朱由崧、洪承畴发动叛乱后，李自成、张献忠等“十三家”突然袭破中都凤阳，又故意散播消息，说要南下攻打南京。这下可把主持南京防务的南京守备、怀远侯常胤绪，以及南京兵部尚书、参赞机务胡应台这两人给吓坏了，他们一合计，觉得宁肯把周围的府县全丢了，也必须保证他们所在的南京的安全，便以南京兵部的名义调动附近各地官军来保卫南京。黄得功和翁玉所部也被召来，奉命守卫南京正北这一带的江面。
本来这两人的人生经历、脾气性格完全不同，按理说无论如何也不可能合得来的。但二人偏偏就很投缘，翁玉敬黄得功武功高强、作战勇猛，黄得功则是大字不识一个，十分羡慕翁玉这样的儒将，因此二人很快便成为莫逆之交。
翁玉是正五品武官，比黄得功还高着半级，但他为人谦逊，凡事以黄得功为主。黄得功性格粗疏，也不大懂官场规矩，欣然受之，所以事实上这一带的防务成了黄得功是主将，翁玉辅之。
黄得功又向曹文诏、曹变蛟叔侄连连赔不是，说最近一段时间，经常有贪生怕死的官军从北面逃来南京，都得让他和翁玉接过江去，他早不胜其烦了。刚才接到禀报，还以为又是败兵，再加上中午喝了不少酒，不问青红皂白就好一通奚落，这才惹恼了曹变蛟，差点斗个两败俱伤。
所谓不打不相识，几人都是武将，本来就性格豪爽，解开误会之后很快就相谈甚欢。听说关宁铁骑是奉旨前来，黄得功和翁玉不敢怠慢，赶紧命水军接骑兵们上船渡江。曹文诏和曹变蛟自然是上了黄得功的座舰，这艘船是所有船只中最大的。然而江面宽阔，无风三尺浪，船身还是不停摇晃。曹氏叔侄久未乘船，此时难免头晕目眩。
趁着渡江的时间，曹文诏先向黄得功和翁玉探听南京附近的防务情况。不问还好，一问就引得黄得功不停地长吁短叹。曹文诏细问时，黄得功又说不出来，只得让翁玉代为介绍。
翁玉也叹了口气道：“曹将军今日身临其境，肯定能体会到长江天险绝非虚言吧？叛军势大不假，然而他们没有水军，想渡江强攻南京谈何容易？因此黄将军和末将认为，南京防务其实并不吃紧，完全可以抽调一部分兵力过江，支援其他战场。”
其实不用翁玉说，曹文诏也能看出个大概。从庐州府到南京这一路，关宁铁骑连一个叛军都没碰到，可见叛军进攻的重点并不是南京。
这一情况让曹文诏
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