朱由检的考虑是不无道理的。仅仅过了两天，就有三名第一师士兵犯禁，在值夜的时候偷偷翻出军营，到百姓家中偷东西。被百姓发现后，竟然持刀行凶，杀死一人，杀伤两人。可是当他们像没事人一样潜回军中时，却被查岗的连长堵了个正着，人赃并获。
朱由检对此案极为愤怒，非常罕见地对着缑明显和李守义大发雷霆，吓得二人跪倒连声请罪。
“你们说怎么办吧！”朱由检发了一通脾气后，气哼哼地道。
“回圣上，当然是军法从事！”缑明显忙道，“按军规十七禁律五十四斩，蔑视禁约，此谓轻军；窃人财物，此谓盗军；凌虐其民，此谓奸军。数罪并罚，三人一律处斩！”
“光把他们三个斩了就算完了？”朱由检怒气冲冲地道，“士兵可以夤夜出营，难道就没有管理漏洞？他们所在的班、排、连长，还有你们这两个师级将官，难道就没有领导责任？朕三令五申、再三强调，大明军要成为一支仁义之师、对国家和百姓忠诚之师，每个士卒都要知廉耻识礼义。可才成军两天，就发生这样的事，这不是打朕的脸么？你们知道朕是顶着多大的压力，耗费多少心血来打造这支新军？廷议本已汹涌，你们还这样不争气，让朕何以自处？”
说到伤心处，朱由检一拳重重地捣在桌案上，泪水夺眶而出。缑明显和李守义吓得连连叩头道：“臣等死罪！求圣上重重惩处！”
过了半晌，朱由检才恢复了平静，擦干眼角的泪水道：“爱之深责之切，朕是对你们寄予厚望才会生气啊！这样吧，犯罪的三名士兵明日公开斩首，所在班、排、连长一律免职，重责二十军棍；营、团长，还有你们两个，官品降半级，罚俸半年！再有犯禁扰民的事件发生，你们两个也不用干了！”
第二天正午，第一师在洛阳闹市公开执法，将三名罪犯一并斩首，并重责负有领导责任的军官，李守义还当众做了检讨。经此事件，军中士兵自是人人悚惧，再不敢违犯军纪；洛阳百姓则对这支曾经军纪极差、把欺负百姓视为家常便饭的军队开始刮目相看。
让朱由检窝火的事还并不止这一件。首先是大明军的组建并不顺利，由于一直遵循自愿和严格的标准，第一师缺额严重，兵力暂时只有不到两千人，连一个团都不够。这期间也有些外地卫所的官军陆续赶来投诚，然而他们的原驻地还处于叛军的控制中，无法进行军户制的改革，也就无法按照统一的方法改编。至于从民户中募兵，考虑到河南局势动荡对百姓的影响很大，需要休养生息，也
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