军户制的改革包括“军”和“户”两个方面，缑明显和李守义按照朱由检的吩咐，先从比较容易的“军”入手。◎頂點小說，现在洛阳城中有八千俘虏，这些俘虏绝大多数都是河南各卫所的官军。二人首先把原属于把汝州卫的挑出来，计有五千多人，比照五军都督府的存档，核实军户的身份和军田情况。当然缑明显正在养伤，这些琐碎的工作只好全由李守义这个指挥使去做。
不出所料的是，汝州卫的军田兼并、军户缺额、吃空饷等情形同样非常严重，多年以来，至少有一半土地被各级军官巧取豪夺。军田的兼并与民田又有不同，民田是直接交割地契，军田则是有一块归军队整体支配的“公田”，军官们常常巧立名目，把公田的收获据为己有，同时还一文钱不花地役使士卒为自己耕种。进行土地兼并时，往往以“公田”兼并“私田”，看起来较为隐蔽，实际兼并程度比民田尤甚。
与此同时，朱由检借调给第一师一百名锦衣卫，对这五千多名士卒进行分别审讯。审讯时言明：皇恩浩荡，不会因为他们曾经为朱常洵效力，就全部定成死罪。只要没有其他恶行，还可继续做官军，朝廷既往不咎。但是，他们必须自首或互相揭发恶行，比如杀人、奸银、强抢民财等重罪。并且告诉他们，坦白从宽，罪减一等；揭发有功，核实有赏。
这五千多人本来以为必死无疑，现在又看到了生的希望，犹如溺水的人搂到了一根稻草，当然不肯放过。现在他们也顾不上袒护别人了，为了保住自己的性命，纷纷揭发其他人的罪行。当然，这些罪行主要集中在百户、千户、守备、游击等军官身上，至于普通士卒，欺压百姓的事确实没少干，但身犯重罪的，在五千多人中毕竟还是少数。
锦衣卫的审讯也很严密，如果只有一人揭发了别人的某项罪行，一般并不采信，只有三人同时揭发同一项罪行的才重点关注。整理完笔录后，有条件的还会去找受害人核实，没条件核实的只好“疑罪从有”。
接下来锦衣卫把所有身犯重罪的军官和士卒，人数约有二百多，暂时拘押在洛阳府衙牢房。这些人都是军人，按照《大明律》，地方官员是无权审理军人的，在这里不过是暂时收监。待叛乱彻底平定以后，再移交五军都督府，由五军都督府奏请皇帝，皇帝委派官员专审。
对这二百多人，朱由检下旨直接剥夺了他们的军人身份，家属也不再是军户，而是强行转为民户。除了留给每户十亩耕地以外，多余的耕地一律充公。军户代代沿袭，这些人的家族在洛阳一带经营百年
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