林丹汗的信函之后，还附有京师诸臣对此事的议论。︽頂點小說，其中大多数东林系官员认为蒙古与大明是敌对关系，林丹汗过去还数次犯边，现在只是因为势穷力蹙才向朝廷示好，而且语气还颇不恭敬。一旦恢复元气，则会翻脸不认人。因此不应理会，而应任其自生自灭。
也有一小部分官员认为应该联合林丹汗共同对付建虏，为此可以答应林丹汗的请求，封他为顺义俺答，反正朝廷也没什么损失，只是给他个虚名而已。至于互市和姻亲，他们就不敢多说了，只说恭请圣裁。
朱由检沉思片刻，提笔给礼部批示道：“敌之敌即为我之友。林丹汗虽然未必真心归顺，但只要能牵制建虏，亦有其用处。目下正在平叛关键时刻，不宜四面树敌。因此可允察哈尔部互市，但应仅限榆林一地，不可放入关内，并着边军严加监督。
“至于其求封顺义俺答，应明确告知不允。何谓俺答？既然求封，安得与朕平起平坐、兄弟相称？求嫁公主更是断然不可，我堂堂大明热血男儿何其之多，岂可牺牲女子换取苟安？朕亦不娶蒙古公主，和亲之事再也休提，以此永为定例！遣质亦大可不必，以蒙古人天性，若做出背信弃义之事，又何惜一子。简而言之，彼若以诚待我，则我亦以诚待彼；彼若存心欺瞒，亦不过自取灭亡而已。钦此！”
看完有关蒙古的奏折，朱由检又拾起一份奏章，这一份却是从登莱巡抚孙元化处转来的，实是皮岛总兵黄龙所奏。奏折中向朝廷汇报了这大半年来皮岛、辽东和朝鲜方面的动向，尤其是朝鲜，黄龙提到自从接任皮岛总兵，按照朱由检的指示从铁山撤兵后，铁山的控制权很快落入朝鲜手中。自从朝鲜投降后金以后，就开始在铁山集结军队，还把朝鲜水师的一部分调到铁山附近，颇有威胁皮岛之意。
因此，在八旗军入关之时，虽然黄龙极想趁机偷袭辽东腹地，但受到朝鲜军队牵制，只能派出很小规模的部队，也没取得多大战果。更兼孔有德、耿仲明、尚可喜这三个汉奸在渤海上神出鬼没，时常袭扰运输粮草军需的船只，皮岛水师防不胜防。黄龙为人忠厚老实，可没有毛文龙那套把失败吹嘘成大胜的本事，只得上表请罪。
廷臣对此也是议论纷纷。以阁臣钱龙锡为代表的很多东林系官员都认为：朝鲜既然已与建虏沆瀣一气，皮岛孤悬海外两面受敌，已无必要死守，不如裁撤东江镇，把皮岛的数万军民撤回登莱或山海关。也有一小部分官员认为朝鲜军队战斗力远逊于建虏，不如以雷霆之势闪击朝鲜，先剪除建虏一翼。
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