京师，应天府改称南京，自此遂为定制。
南京在大明帝国中的地位非常重要，据有南京，便可扼守长江天险，掌控东南财赋。因此朝廷一直将南京视为根本之地，在官员设置和军事部署上，也与其他地方明显不同。
首先，作为留都，在南京有一套完整的中央政府机构，六部、五寺、都察院等机构一应俱全，只是没有内阁，官员设置及品级也与京师的相应机构几乎完全一样。
当然，平时这些官员并无实掌之事，因此南京的各个衙门又被称作“养老衙门”，朝廷不得不拿出大量的俸禄来养着这么一帮闲官。可是万一的万一，如果京师不幸陷落，在京官员被一网打尽，那么南京的政府机构立即可以另起炉灶发挥作用，这就是设立这些机构之初的设想。
其次，在军事部署上，南京仍然保留的大量的兵力。在南京同样设有五军都督府，具体卫所则有金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、羽林前卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫、金吾左卫、金吾右卫、江淮卫、济川卫、孝陵卫，共计十八卫，以及一个由宦官直接统领的牺牲千户所。
按卫所定制，每卫下辖五个千户所，每个千户所又下辖十个百户所，每个百户所定额一百一十二人。这样算下来，十八卫的总兵力就已经达到十万人以上，这还不算南京附近的卫所官军。当然，各地卫所缺额现象都十分严重，南京也不例外，但守城之时凑出十万官军还是没问题的。
至于发出紧急塘报的这两个人，朱由检也略有了解。在过去，南京的军事指挥制度相当特殊，是由南京守备太监、南京守备和参赞机务三人合议指挥。这其中南京守备太监是从司礼监直接派过去的，朱由检的死对头管宁就曾坐过这个重要的位子。
而南京守备则由勋臣之后担任，现任南京守备怀远侯常胤绪，是明朝开国功臣、开国公常遇春之后。至于参赞机务，则是由南京兵部尚书兼任，现任参赞机务叫胡应台，也是一位历经宦海沉浮的老牌东林党官员。
现在由于朱由检废除宦官制度，守备太监自然是没了，南京的军事指挥大权就由常胤绪和胡应台两人执掌。朱由检刚刚登基，人心未稳，不想在地方上进行大规模人事调整，也就暂时没动这两个人。
但是他心里清楚得很，常胤绪虽是名将常遇春之后，却是多少代养尊处优，别说打仗了，恐怕连只鸡他都杀不了。让他指挥作战，肯定是一塌糊涂。至于胡应台，他的履历虽然还算
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