仅过了两天，毕自严就收到了一份“大礼”：暂领京师三大营的解胜和郝永忠，亲自将五十万两白银护送入城，直接存入大明银行。同时附上一份名单，详细列明了存款人的信息，为银行省去不少麻烦。
过去不论是哪里的官军，只有‘花’朝廷的饷银，还从来没有往回返钱的；尤其是三大营，更是个填不满的无底‘洞’。这次却一下存入五十万两，虽然是存款，早晚还得还本付息，还是让户部上上下下都喜出望外。
其实他们哪里知道，三大营可是一块难啃的骨头。为了整顿这支守卫京畿的“‘精’锐”官军，朱由检可是煞费苦心。
俗话说“兵熊熊一个，将熊熊一窝”，朱由检首先调整的就是三大营的统兵将领。阉党叛‘乱’之时，三大营在监军太监王朝奉的率领下直接参与，因此朱由检控制局面之后，做的第一件事就是令解胜、李定国、郝永忠各领一营，并将各营千户以上将官全部暂时“下岗”，以秦兵骨干暂代其职，将这支庞大的部队牢牢地控制住。
在审定“阉党逆案”的同时，对军中将领的筛查也在同时进行。总兵、副总兵、参将一级的高级将领，有不少都党附魏忠贤，甚至有些人就是魏忠贤安‘插’进来的。有道是“皮之不存‘毛’将焉附”，魏忠贤都完蛋了，这些人当然没有好下场，刑部依律定罪，杀的杀关的关，很是清除了几个军中的大蛀虫。
剩下的游击、守备、千户、百户等中低级将领，朱由检没有再深究。一方面是因为他们官职较低，人微言轻，即使参与叛‘乱’也是奉命行事，所谓“首恶必办，胁从不问”，没必要牵连太广；另一方面，这些军官人数众多，若全部治罪，则三大营将士人人自危，也不利于开展整顿。审查的结果，这些军官最多受到降级罚俸的处罚，而按照《大明律》，就是判个斩立决也是完全说得过去的，因此众人无不感念浩‘荡’皇恩。
接下来的一步，就是彻查“空额”问题。军中广泛存在的“吃空饷”现象，不但大量侵吞了朝廷的饷银，更重要的是，朝廷连自己到底有多少兵力都不知道，既不知己又不知彼，岂能不屡战屡败。
过去朝廷也不是不知道“吃空饷”的存在，可是首先监军太监就是吃空饷的最大受益者，下面的主要将官也都能跟着分得不少好处；他们再拿出一部分银两，向魏忠贤及其党羽行贿。上上下下都打点到了以后，也就无人深究，反正是慷国家之慨。偶有一二直臣想要查办，他们就用军队哗变来吓唬朝廷，一直屡试不爽。
可
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