案子转给刑部。
朱由检则是断然拒绝，在没有查出到底谁是涉案官员之前，他绝不肯把案件转给刑部。说不定这个人就是刑部的，转过去不是更方便他消灭罪证！
阁臣们对于这次被皇帝驳回倒没有太坚持，一则此案涉及军事，由同为军队系统的锦衣卫审理并无不当；二则内阁里现在除了孙承宗、王在晋和袁可立这三位老臣以外，又多了一个皇帝的支持者，那就是周延儒。
这位老兄自从入阁之后，往日年轻气盛的作风不改，但对象却变了。凡是皇帝支持的事，他就坚决支持；凡是皇帝反对的事，他就坚决反对。只要东林系大臣和皇帝有不同意见，他非得和他们吵个天翻地覆不可。而且他是状元出身，口才极佳，辩论起来引经据典、头头是道，即使是钱龙锡、李标这样的饱学之士，也往往被他驳得哑口无言。
除了周延儒以外，内阁还有十六名中书舍人。他们虽然没有票拟权，但在内阁商议朝政时，也可以发表自己的见解。像黄宗羲、顾炎武、王夫之等人，也都是皇帝的坚定支持者。因此内阁也在悄然发生着变化，不像以前那样，几乎事事都和皇帝对着干了。
当然，这么大的案件，如果内阁一点建议也没有，也显得阁臣太过窝囊。经过集体讨论，阁臣再次奏请皇帝，将宣大总督、宣府巡抚和宣府总兵调往他处，另派官员接替他们的职务。
这次朱由检欣然同意。一方面是给了内阁一次面子，另一方面，如果案件涉及到这三个顶级官员的话，将他们调走，无疑有利于案件的深入调查。就算他们与本案无关，但就看他们在独石口一役中的表现，简直麻木到了极点，宣府直接拱卫着京师，交给这种酒囊饭袋镇守怎能放心！
对于接替人选，内阁提交了几次名单，朱由检都不大满意。比如内阁建议让洪承畴担任宣大总督，虽然他资历足够，但朱由检对洪承畴有一种天然的戒备之心，怎会让他驻守边关重地。
又比如内阁建议让孙传庭出任宣府巡抚。虽然孙传庭是朱由检非常信任的人，但陕西方面同样非常重要，现在流贼盘踞于湖北西北部的山区中，随时有可能重返陕西，潼关需要有孙传庭这样一位可靠之人镇守，否则关中平原和西安就危险了。
最后，朱由检不得不通过陈圆圆的京华时报，将自己中意的人选透露了出去。京华时报连续几天，连篇累牍地报道两位官员的事迹，自然也引起了朝臣的注意。
这两人就是袁崇焕和卢象升。
袁崇焕曾任辽东巡抚，独自
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