说是全国灭鼠，但朱由检并未如同山海关那样进行全民动员，只是降旨晓谕全国各地：“时疫”实为鼠疫，由老鼠和跳蚤传播，各地府县应督导当地百姓灭鼠、除蚤。除了这道圣旨以外，并没有什么实质性措施，真正大张旗鼓的灭鼠运动只在顺天府、尤其是京师城内展开。
这并不是朱由检厚此薄彼，实在是因为他深知各地官场**透顶，上至方面大员，下至普通胥吏，无不只知自己捞钱，根本不管百姓的死活。
而不论是任何改革，如果天真地认为只要皇帝圣旨一下，下面闻风而动，很快全国就面貌一新，那无疑是痴人说梦。究其最大的原因，就在于负责执行的这帮官吏，以及和他们勾结在一起的富绅集团。他们凡事都只会从自己的利益出发，没好处的事绝对不干，触及到他们利益的更会阳奉阴违、暗中破坏。
如果朱由检将山海关的经验照搬到全国，恐怕下面那些歪嘴和尚就会把经念变了味。最简单的，你不是捕鼠百只赏银一两么？我就找几个人先抓些老鼠领赏，然后这些老鼠也不焚毁，前门送进去，后门偷着送出来，循环往复领赏，直到腐烂光了为止。如此舞弊，就是有多少银子也不够他们糟蹋的。
而朱由检现在有在全国范围内制约舞弊的手段么？答案显然是否定的。虽然内帑银现有数千万两之多，但这些银子是一次性抄检出来的，并非经常性收入，用一点便少一点。该花的钱，一次支出几十万、几百万两，朱由检眼都不会眨一下；可不该花的钱，尤其是明知道会被贪污掉的钱，他可是少一个子也心疼。
所以这次灭鼠运动，朱由检不以官府为主导，而是让包玉怜的太医院去做，官府只起辅助作用，尤其是不让他们碰钱。
朱由检这么做还有另外一个目的，就是以此为契机，不显山不露水地开始政府机构改革。
明代的政府机构设置算是封建王朝的集大成者，体系完整，结构复杂。然而与现代社会比起来，那就太过寒酸了。中央只有六部五寺，十一个机构就涵盖了天下所有事务；地方政府就更简单，尤其是到县这一级，一个县衙，大事小情全归他管。
权力的高度集中，必然导致两大后果：一是行政能力弱，效率低下，二就是**。发展到明末，整个官场已经是**透顶、积重难返，朱由检想要逆转乾坤拯救中华，非得进行一次从人事到制度的彻底改革不可。
但改革谈何容易，尤其是政府机构改革，更是直接触动官员集团的利益，稍有不慎就会激起猛烈反弹。所以朱由
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