瑞身体力行矫正弊端。有的御史偶尔陈列戏乐，海瑞要按明太祖法规给予杖刑。百官恐惧不安，都怕受其苦。提学御史房寰恐怕被举发纠正要先告状，给事钟宇淳又从怂恿，房寰再次上书诽谤诬蔑海瑞。海瑞也多次上书请求退休，皇帝下诏慰留不允许。万历十五年，死于任上。
正直一生
延平府的督学官到南平县视察工作，海瑞和另外两名教官前去迎见。在当时的官场上，下级迎接上级，一般都是要跪拜的。因此，随行的两位教官都跪地相迎，可海瑞却站着，只行抱拳之礼，三人的姿势俨然一个笔架。这位督学官大为震怒，训斥海瑞不懂礼节。海瑞不卑不亢地说：“按大明律法，我堂堂学官，为人师表，对您不能行跪拜大礼。”这位督学官虽然怒发冲冠，却拿海瑞没办法。海瑞由此落下一个“笔架博士”的雅号。 过了几年，海瑞因为考核成绩优秀，被授予浙江严州府淳安县知县。淳安县经济比较落后，又位于南北交通要道，接待应酬，多如牛毛，百姓不堪其扰。海瑞上任后，严格按标准接待，对吃拿卡要的官员毫不客气。 在严嵩掌权的日里，别说是严家父，就是他们手下的同党，也没有一个不是依官仗势，作威作福的。上至朝廷大臣，下至地方官吏，谁都让他们几分。
去世
海瑞没有儿。去世时，南京都察院佥都御史王用汲去照顾海瑞，只见用布制成的帏帐和破烂的竹器，有些是贫寒的人也不愿使用的，因而禁不住哭起来，凑钱为海瑞办理丧事。海瑞的死讯传出，南京的百姓因此罢市。海瑞的灵枢用船运回家乡时，穿着孝服的人站满了两岸，祭奠哭拜的人百里不绝。朝廷追赠海瑞太太保，谥号忠介（瑞无。卒时，佥都御史王用汲入视，葛帏敝籝，有寒士所不堪者。因泣下，醵金为敛。小民罢市。丧出江上，白衣冠送者夹岸，酹而哭者百里不绝。赠太太保，谥忠介。——《明史》卷二二）。
历史评价
海瑞一生居官清廉，刚直不阿，清廉正直，深得民众的尊敬与爱戴。同样也在官场上得罪了很多人。在南京当吏部尚书时就被民众称赞甚至拿他的画像当门神。据说听到他去世的噩耗时，当地的百姓如失亲人，悲痛万分。当他的灵柩从南京水路运回故乡时，长江两岸站满了送行的人群。很多百姓甚至制作他的遗像，供在家里。关于他的传说故事，民间更广为流传。后经人墨客加工整理，编成了著名的长篇公案《海公大红袍》和《海公小红袍》，或编成戏剧《海瑞》、《海瑞罢官》、《海瑞上疏》等。海瑞和宋朝的包拯一样，是国历
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